Department of Applied Biology
The department covers several research areas, including environmental microbiology and the development and testing of nanomaterials for biomedical applications.
Research
The department’s research focuses primarily on:
The Department of Applied Biology encompasses several research areas combining environmental microbiology and the development of nanomaterials for biomedical applications. Specifically, it involves the study of nanomaterials and porous structures for regenerative medicine, drug delivery, and cosmetics; the effects of nanomaterials on natural microbial communities, in vitro cell cultures, and ex vivo tissue models; the activity of microorganisms in relation to the safety of deep geological repositories for radioactive waste; the antibacterial and algicidal properties of new photocatalytic materials; the impact of remediation measures on natural microbial communities; and the development of testing methodologies and systems for evaluating the interactions of cell populations with (nano)materials and active substances under silmulated conditions.
Applied Biology department team
RNDr. Alena Ševců Ph.D.
Mgr. Marie Czinnerová Ph.D.
Mgr. Huynh Anh Nhung Nguyen Ph.D.
Ing. Jakub Říha Ph.D.
Ing. Alice Břečková
Ing. Hana Tománková M.Sc.
Ing. Mgr. Karolína Morávková
Ing. Miroslava Rysová Ph.D.
Mgr. Kateřina Černá Ph.D.
Mgr. Kristýna Marková
Mgr. Veronika Hlaváčková PhD.
Mgr. Martin Pusztai Ph.D.
Publications
- A Perspective on the Potential Impact of Microplastics and Nanoplastics on the Human Central Nervous SystemKimia Moiniafshari, Alessandra Zanut, Andrea Tapparo, Paolo Pastore, Sara Bogialli, Fazel Abdolahpur Monikh
- Acute toxicity of natural and synthetic clothing fibers towards Daphnia magna: Influence of fiber type and morphologyAndrew Barrick, Boardwine Boardwine, Huynh Anh Nhung Nguyen, Alena Ševců, Jana Novotná, Tham C. Hoang
- Dual acute effects of tire microplastics and their leachates on Spirodela polyrhiza and phyllosphere bacteriaDonia M. Osman, Wenke Yuan, Muthii Patrick Nyaga, Fazel Abdolahpur Monikh, Yuyi Yang
- Edible electrospun materials for scalable cultivated beef productionBenjamin A.S. Dagés, Jack A. Fabian, Miroslava Rysová, Paul Topham, Jean-Baptiste R.G. Souppez, Mariana Petronela Hanga, Eirini Theodosiou, Dagmar Poláková
- Effects of tire wear particles on freshwater bacterial-fungal community dynamics and subsequent elemental cycles using microcosmsYuanyuan Mo, Fazel Abdolahpur Monikh, Yousuf Dar Jaffer, Richard Mugani, Danny Ionescu, Guogui Chen, Jun Yang, Hans-Peter Grossart
Technologies
Overview of services offered by the department:
Overview of services offered by the department:
- Evaluation of antimicrobial properties of photocatalytic paints (ISO 27447:2019, ISO 19635:2016)
- Evaluation of antimicrobial properties of (nano)materials
- Evaluation of chemical toxicity (inhibition of algae and cyanobacteria growth) according to OECD Test No. 201
- Evaluation of the bioremediation potential of microbial communities at contaminated sites
- Evaluation of the impact of microorganisms on deep radioactive waste repositories
- Evakuation of the impact of microorganisms on geological hydrogen storage sites
- Evaluation of the occurence of microbially induced corrosion
- Evaluation of the impact of microorganisms on bentonite barriers in landfills
- Accredited analysis of microbial contamination of facade surfaces
Overview of services offered by Biomed laboratory:
- In vitro biocompatibility assessment of mammalian cells – Verification of the biocompatibility of macro/micro/nanomaterials in accordance with ISO 10993-5. Performed in direct contact/indirect contact (eluate). The cell type can be selected according to the expected exposure.
- In vitro skin irritation and corrosion assessment – Assessment performed on reconstructed skin models according to OECD TG 439 (skin irritation) and OECD TG 431 (skin corrosion). The assessment can be performed on both liquid and solid samples.
- In vitro eye irritation assessment – Safety assessment for eye exposure. Performed on EpiOcular™ reconstructed corneal models according to OECD TG 492.
- Custom development and evaluation of biomaterials – Development and evaluation of biodegradable (nano)materials for medical, cosmetic, and food applications. Evaluation in terms of morphology, selected chemical and functional properties, including biological effects, safety towards mammalian cells (in vitro), and antibacterial efficacy (in vitro).
instruments
The capacity of our state-of-the-art equipment is also available for your use upon agreement.
Ing.Kateřina Bobčíková,
E: katerina.bobcikova@tul.cz
Jedná se o fluorescenční mikroskop, kterým je možné analyzovat nativní preparáty v průchozím světle a analyzovat nativní i jiné vzorky s autofluorescencí nebo fluorescenčně barvené. Možnost snímání obrazu pomocí barevné kamery (AxioCam ICc 1) nebo černobílé kamery (AxioCam 705 mono). Vyhodnocování či úprava pořízených snímků se provádí v programu ZEN3.4 (blue edition).
RNDr.Alena Ševců, Ph.D.
T: +420 485 35 38 05
E: alena.sevcu@tul.cz
Sekvenování DNA
Ing.Kateřina Bobčíková,
E: katerina.bobcikova@tul.cz
Jedná se o materiálový mikroskop, kterým je možné analyzovat vzorky v odraženém světle, v temném či světlém poli s možností využití filtrů U-AN360 nebo U-PO3. Možnost snímání obrazu pomocí fotoaparátu Canon EOS 700D. Vyhodnocování či úprava pořízených snímků se provádí v programu QuickPHOTO MICRO 3.1
Mgr. Kristýna Marková
E: kristyna.markova2@tul.cz
Měření hladiny exprese genů z kolonie buněk či jedné buňky Detekce patogenů v krvi či reakcí buněk na určité typy léčiv
RNDr.Alena Ševců, Ph.D.
T: +420 485 35 38 05
E: alena.sevcu@tul.cz
Stanovení sekvence nukleotidů v molekulách nukleových kyselin
Ing.Hana Tománková, M.Sc.
T: +420 485 35 37 60
E: hana.tomankova@tul.cz
Destičkový spektrofotometr pro kvantifikaci molekul a analýzu biochemických dějů
Ing.Hana Tománková, M.Sc.
T: +420 485 35 37 60
E: hana.tomankova@tul.cz
Separace biomolekul s možností následné detekce a kvantifikace.
Mgr.Martin Pusztai, Ph.D.
T: +420 485 35 35 76
E: martin.pusztai@tul.cz
Analýza fyziologického stavu, případně kvantifikace, rostlin a jejich částí, lišejníků, řas či sinic na základě časově rozlišené fluorescence chlorofylu, a to v laboratoři i v terénu.
Ing.Miroslava Rysová, Ph.D.
E: miroslava.rysova@tul.cz
Hodnocení toxicity materálů in vitro v reálném čase
Bc.Alice Břečková
T: +420 485 35 38 17
E: alice.breckova@tul.cz
Jedná se o fluorescenční mikroskop využívaný zejména pro stanovení kvality pitných vod (stanovení biosestonu ČSN 75 7712 a stanovení abiosestonu ČSN 75 7713). Je jím možné analyzovat nativní preparáty v průchozím světle a nativní i jiné vzorky s autofluorescencí nebo fluorescenčně barvené. Možnost snímání obrazu pomocí barevné kamery Canon EOS 70D. Vyhodnocování či úprava pořízených snímků se provádí v programu QuickPHOTO MICRO 3.1
Ing.Miroslava Rysová, Ph.D.,
E: miroslava.rysova@tul.cz
Invertovaný fluorescenční mikroskop – analýza živých a fixovaných buněk
Ing.Hana Tománková, M.Sc.
T: +420 485 35 37 60
E: hana.tomankova@tul.cz
Dokumentační systém akrylamidových a agarózových gelů, blotovacích membrán (chemiluminiscence, fluorescence)
Ing. Hana Tománková, M.Sc.
E: hana.tomankova@tul.cz
Homgenizace vzorků o objemu do 50ml
Mgr.Veronika Hlaváčková, PhD.
T: +420 485 35 39 63
E: veronika.hlavackova@tul.cz
Anaerobní rukávový box Whitley se používá pro dlouhodobé udržení vzorků v anaerobní atmosféře s obsahem vodíku 5%. Je vhodný pro kultivace anaerobních mikroorganismů při laboratorních nebo zvýšených teplotách (do 58°C).
Ing.Kateřina Bobčíková
E: katerina.bobcikova@tul.cz
Fotoreaktor pro standardní testy fotokatalytické aktivity (ISO 27447:2019) a jiné fototokatalitické experimenty. Fotoreaktor umožňuje zapojení 1-10 zářivkek Philips TL 8W BLB G5 a desku nesoucí záživky je možné umístit do 12 poloh, čím je zajištěný rozsah intenzity záření od 50 do 1500µW/cm2. Polomatné sklo propouští UV-A záření s vrchní matnou stranou zajišťuje rovnoměrný rozptyl záření. Vzorky možné při experimentu orbitalově třepat nebo ponechat v klidu.
Mgr. Kristýna Marková
E: kristyna.markova2@tul.cz
PCR v reálném čase, slouží ke kvantifikaci cílové nukleové sekvence ve směsném vzorku.
Mgr. Kristýna Marková
E: kristyna.markova2@tul.cz
Digitální PCR, slouží k absolutní kvantifikaci cílové sekvence NK ve směsném vzorku
Mgr. Kristýna Marková
E: kristyna.markova2@tul.cz
Mikrofluidní elektroforéza pro analýzu nukleových kyselin
Mgr. Kristýna Marková
E: kristyna.markova2@tul.cz
Spertrofotomert na mikroobjemy k měření koncentrace a čistoty nukleových kyselin
Mgr. Kristýna Marková
E: kristyna.markova2@tul.cz
Fluoromert k měření koncentrace nukleových kyselin
Institute for Nanomaterials,
Advanced Technology and Innovation
Studentská 1402/2
office:
Bendlova 1409/7 – budova L
460 01 Liberec 1
T +420 485 353 852
M +420 725 836 913
Stay in touch
Designed with WordPress